بابا الكنيسة المصرية يعرف بأنه بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية نسبة إلى القديس مرقس أحد الرسل السبعين للسيد المسيح، الذى جاء ليبشر بالمسيحية فى مصر منتصف القرن الأول الميلادى فى مدينة الإسكندرية وخلال فترة تقترب من ألفى عام استخدم بابوات الإسكندرية 7 مقرات، أولها الكنيسة المرقسية بالإسكندرية وآخرها الكاتدرائية المرقسية بالعباسية.
1- الكنيسة المرقسية بالإسكندرية
خلفاء القديس مرقس من البابوات كانوا يتخذون الإسكندرية مقرًا لهم، وظلت الإسكندرية من القرن الأول الميلادى حتى القرن الحادى عشر الميلادى أى من سنة ٦١ م إلى ١٠٤٧ م تقريبًا، هى مكان ومقر الكرسى الرسولى، وتزداد أهمية الكنيسة المرقسية بشارع النبى دانيال لوجود (رأس القديس مار مرقس فيها)، التى تهدمت وأعيد بناؤها أكثر من مرة على مر التاريخ، وفى عام ١٨٧٠ تم بناؤها على الطراز البيزنطى مع تزيينها بعدد كبير من الأيقونات، وفى عام ١٩٥٢ قام البابا يوساب الثانى بافتتاح الكاتدرائية الجديدة وصلى أول قداس بها.
2- الكنيسة المعلقَّة
عندما نقلت العاصمة فى مصر من الإسكندرية إلى بابليون (القاهرة الآن) نقل مقر الكرسى البابوى إلى الكنيسة المعلقة بمصر القديمة فى الفترة من 1047 ، فى عهد البابا »خريستوذولوس ١٠٤٠) « – ١٠٧٧ م) رقم ٦٦ من بابوات الكرازة المرقسية، وذلك فى القرن الحادى عشر وتقع مع المتحف القبطى فى شارع مار جرجس بمصر القديمة، وحسب الموسوعة القبطية فإنها ظلت المقر البابوى حتى عام ١٣٢٠ م حتى عهد البابا يؤانس الثامن البطريرك ١٣٠٠ – ١٣٢٠ ) باستثناء فترات قصيرة كان بعض البابوات يلجؤون إلى كنيسة أبو سيفين بمصر القديمة ويتخذونها كاستراحة بديلة.
والكنيسة المعلقة تعتبر أقدم كنائس حى مصر القديمة، وسميت بالمعلقة لأنها بنيت على أنقاض برجين كبيرين من أبراج حصن بابليون الرومانى، وهى بازيلكية الطراز كغيرها من كنائس مصر القديمة، وهى الوحيدة بين كنائس مصر عديمة القباب، بسبب الطريقة التى بنيت بها على أنقاض الأبراج لا على الأرض، فالقباب تحتاج إلى دعائم وجدران قوية، لترتكز عليها.
3- كنيسة القديس مرقوريوس أبو سيفين
كانت مقرًا بابوياِّ بديلًا للكنيسة المعلقة فى بعض الأوقات، تقع بشارع عمرو بمصر القديمة، ونقل المقر البابوى إلى كنيسة الملاك ميخائيل بالدور العلوى بكنيسة أبو سيفين وكانت »قلاية « البطاركة منذ تقدمة البابا غبريال (أبو العلا) ابن تريك الكاتب البطريرك ال ٧٠ وبعده البطريرك يؤانس الثانى والسبعين، وكان »تريك « والده قسيسًا وترمل، وطلب الأسقفية، وطلب منه مالًا (سيمونية)، فلم يدفع ولم يفعل أن يأخذ رتبة كهنوتية برشوة، وكان عنده مال، فبنى كنيسة الملاك ميخائيل هذه صرف النظر عن الأسقفية، وذلك فى بطريركية أنبا ميخائيل السنجارى، نسبة إلى سنجار قرية بالدلتا شهيرة.
4- كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة
كانت المقر البابوى خلال الفترة من ١٣٢٠ إلى ١٦٦٠ م، ونقل المقر إلى كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة منذ القرن الرابع عشر، وهى تقع الآن (بشارع بورسعيد وتتبع قسم الجمالية).
كنيسة العذراء بحارة زويلة نقل إليها الكرسى فى عصر البابا يؤانس الثامن البطريرك ٨٠ ( ١٣٠٠ – ١٣٢٠ م) وتأسست عام ٣٥٠ م، وحسب الموسوعة القبطية فقد قال العلامة المقريزى عنها: كنيسة عظيمة عند النصارى، وهى على اسم السيدة «، أما المؤرخ الإنجليزى بتلر فقال عنها »هى بلا شك أقدم كنيسة فى مدينة القاهرة .
5- كنيسة السيدة العذراء المغيثة فى حارة الروم
أصبحت المقر البابوى فى الفترة من 1660 إلى ١٧٩٩ فى عصر البابا متاؤس الرابع البطريرك رقم 102 ١٦٦٠ – ١٦٧٥ م)، وهى كنيسة أثرية تقع فى منطقة الغورية بالدرب الأحمر، وعنها قال العلامة المقريزى فى خططه »هى كنيسة تعرف بالمغيثة بحارة الروم القاهرة على اسم السيدة مريم «، ولقد لقبت ب »المغيثة « تبركًا بالسيدة العذراء، التى تنجى وتغيث كل من كان فى شدة، ويلجأ إليها طالبًا صلواتها وشفاعتها.
6 – الكنيسة المرقسية الكبرى بالأزبكية
كانت المقر البابوى فى الفترة من 1799 إلى ١٩٧١ م، وذلك عندما قام البابا مرقس الثامن بنقل الكرسى الباباوى من حارة الروم إلى الكنيسة المرقسية الكبرى بالدرب الواسع، ولقد اهتم ببنائها المعلم إبراهيم الجوهرى »وهو من كبار أغنياء الأقباط فى القرن الثامن عشر، اشتهر بالتقوى والصلاح «، وتم تكريس الكنيسة للصلاة فى ١٤ سبتمبر ١٨٠٠ على يد البابا مرقس الثامن.
7 – الكاتدرائية المرقسية بالعباسية
صارت المقر البابوى منذ عام 1971 ، وبدأ بناؤها فى عصر البابا كيرلس السادس وبالتحديد فى ٢٤ يوليو ١٩٦٥ تم وضع حجر الأساس للكاتدرائية المرقسية الجديدة بأرض الأنبا رويس بالعباسية فى حضور الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، وتم افتتاحها رسميًّا للصلاة فى ٢٥ يونيو ١٩٦٨ فى حفل مهيب حضره الرئيس الراحل جمال عبد الناصر والإمبراطور هيلاسلاسى إمبراطور إثيوبيا الراحل، وفى هذه الكاتدرائية أيضًا تمت صلاة التجنيز على روح قداسة البابا كيرلس السادس فى ١٠ مارس 1971 ، كما تم تجليس البابا شنودة الثالث البطريرك الحالى عليها فى ١٤ نوفمبر ١٩٧١ ، كما أقيمت صلاة تجنيز البابا شنودة الثالث فى ٢٠ مارس ٢٠١٢ ، وتجليس البابا تواضروس الثانى فى ١٨ نوفمبر ٢٠١٢.
وحسب الموسوعة القبطية فقد عرفت الأرض التى بنيت عليها الكاتدرائية فى كتب التاريخ بدير الخندق ، وكانت تعرف ببئر العظام بسبب نقل عظام الموتى إليها، وجاء عنها فى الخطط التوفيقية لعلى باشا مبارك فى الجزء السادس هى بدير الأنبا القديس فريج المعروف الآن بدير الأنبا رويس، وهو دير الخندق الذى ذكره المقريزى، وكان أبو رويس هذا عابدًا زاهدًا معتبرًا لدى قومه توفى ١١٢١ للشهداء الموافقة ١٤٠٥ م ودفن بالدير المذكور.