هناك حالات عضوية عديدة تتشابه مع حالة القولون العصبي من حيث الأعراض، وعلى الطبيب الماهر استبعاد مثل هذه الأمراض كأساس مهم في تشخيص حالة القولون العصبي ومن هذه الحالات الآتي:
– حالة زيادة نمو البكتريا في الجهاز الهضمي.
– حالة المغص المتكرر الناتج من انسداد المرارة ومسالك العصارة الصفراوية.
– سرطان القولون وخاصة في كبار السن.
– التهاب غدة البنكرياس المزمن.
– قرحة المعدة الإثنى عشر.
-الإصابة بالأميبا أو الجارديا.