ثالث الجوامع التي أنشئت بمصر، وأقدم جامع احتفظ بتخطيطه وكثير من تفاصيله المعمارية الأصلية، وبه أقدم مأذنة، إنه مسجد أحمد ابن طولون الذي تكلف بناءه 120 ألف دينار.
أتم أحمد بن طولون بناء قصره عند سفح المقطم وأنشأ الميدان أمامه، وبعد أن انتهى من تأسيس مدينة القطائع، شيد جامعه على جبل يشكر فبدأ في بنائه سنة 263 هجرية وأتمه سنة 265 هجرية وهذا التاريخ مدون على لوح رخامى مثبت على أحد أكتاف رواق القبلة.
الجامع وإن كان ثالث الجوامع التي أنشئت بمصر، بعد جامع عمرو بن العاص، وجامع العسكر الذي زال بزوال مدينة العسكر التي كانت تشغل حيَّ زين العابدين “المدبح حاليًّا”، يعتبر أقدم جامع احتفظ بتخطيطه وكثير من تفاصيله المعمارية الأصلية.
غلب على المسجد طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة، قام السلطان لاجين بإدخال بعض الإصلاحات فيه، وعين لذلك مجموعة من الصناع، كما أمر بصناعة ساعة فيه، فجعلت قبة فيها طيقان صغيرة على عدد ساعات الليل والنهار وفتحة، فإذا مرت ساعة انغلقت الطاقة التي هي لتلك الساعة وهكذا، ثم تعود كل مرة ثانية.
ويعد جامع أحمد بن طولون هو المسجد الوحيد الباقي في مصر، الذي لم تتغير معالِمُه، وقد تغيرت معظم معالم مسجد عمرو بن العاص، وكذلك جامع الأزهر الشريف بمرور العصور.
وقد شيّد أحمد بن طولون مسجده على مساحة كبيرة تبلغ ستة أفدنة ونصف فوق جبل يشكر، بوسط مدينته الجديدة القطائع، وقد عرف بهذا الاسم نسبةً إلى قبيلة يشكر بن جزيل من عرب الشام.
وقد بنى أحمد بن طولون مسجده بعد أن شكا الناسُ من ضيق جامع العسكر، فبدأ البناء عام 263هـ – 876م، واكتمل بناؤه عام 265هـ – 879م وفقًا لما جاء باللوحة المثبتة على إحدى دعامات إيوان القبلة بالمسجد.
ويتميز هذا الجامع بزخارفه الإسلامية البديعة التي تَجعله أحد النماذج النادرة للفن الإسلامي والعمارة الإسلامية، وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام.
فى القرن الثانى عشر الهجرى، الثامن عشر الميلادى، كان هذا الجامع يستعمل كمصنع للأحزمة الصوفية، كما استعمل في منتصف القرن الثامن عشر ملجأ للعجزة، ثم أتت لجنة حفظ الآثار العربية سنة 1882م، وأخذت في إصلاحه وترميمه، إلى أن كانت سنة 1918م حين أمر الملك فؤاد الأول بإعداد مشروع لإصلاحه إصلاحا شاملا، وتخلية ما حوله من الأبنية، راصدا لذلك أربعون ألف جنيه، أنفقت في تقويم ما تداعى من بنائه، وتجديد السقف، وترميم زخارفه إلى أن أعيد ترميمه وافتتاحه في عام 2005، كواحد من 38 مسجد تم ترميمهم ضمن مشروع القاهرة التاريخية، وقد أعلنت وزارة الثقافة أن إعادة ترميم الجامع تكلفتها تجاوزت 12 مليون جنيه.
طولون أحد المماليك الأتراك الذين أهداهم عامل بخارى إلى الخليفة المآمون، وخدم في البلاط العباسى حتى بلغ مصاف الأمراء، ونشأ ابنه أحمد بن طولون – نشأة الأمراء.
فلما تولى باكباك إمارة مصر من قبل الخليفة العباسي أناب أحمد عنه في ولايتها فقدم إليها سنة 254 هجرية 868م، ثم حدث أن تولى مصر حميه الأمير ماجور بعد وفاة باكباك فأقره على ولايتها، وكانت ولاية بن طولون على مصر أول الأمر قاصرة على الفسطاط فقط.
أما أمر الخراج فكان موكولا إلى ابن المدير، فما زال أحمد يوسع في نفوذه حتى شمل سلطانه مصر جميعها، وتولى أمر الخراج وتوسع حتى الشام وبرقة مؤسسا الدولة الطولونية التي حكمت مصر من سنة 254 إلى 292 هجرية 868 إلى 905 م وتوفى سنة 270 هجرية 884 م وتأتي أهمية أحمد بن طولون من أنه تتمثل فيها النقلة التي انتقلتها مصر من ولاية تابعة للخلافة العباسية إلى دولة ذات استقلال ذاتى.